Aujourd'hui, je suis tombé sur un tweet d'Amandine :

:%s/\ r//g to remove all those nasty ^M from a file, or :%s/\ r$//g for only at the end of a line.

La source est ici : http://vim.wikia.com/wiki/Change_end-of-line_format_for_dos-mac-unix, j'espère que ça vous servira autant qu'à moi !